在《指尖三国志》的副本中，大多数是依照三国历史线路铺设，而在这期间，却有那么一两个副本草灰蛇线，埋下伏笔。认真看来，竟是脑洞大开的神秘剧情。
甫入《指尖三国志》，玩家便会惊讶于魔将吕布的存在，随着副本的进展，一场惊天阴谋也渐渐浮出水面。先是张角，后有董卓，皆提到会有重生的一日。最关键剧情在4-18白门楼之殇，也就是说魔王重生之时，之前领了便当的人就能复活。所以最后副本放眼望去全是魔将，按照刚进游戏时的剧情，打起来一定很酸爽。
另一处关键所在为5-18遗计定辽东及6-3三国茅庐。我们可以知晓，魔王为黄帝的天地五行阵所封印，其使者司马懿前来蛊惑曹操曹操南征北战，借此寻找魔王的封印真正所在。难道魔王是蚩尤?郭嘉亦是蛰伏在曹魏阵营中的五行使者之一，潜入曹营主要目的就是为了探查黑衣人的真实身份，跟诸葛亮有千丝万缕的私下关系——并没有什么不对。后来郭嘉诈死隐居幕后，可怜曹操还“哀哉奉孝、悲哉奉孝”，也是虐恋情深。总之策划团队里也隐藏着曹黑。
值得注意的是，郭嘉提到自己乃是南华仙人座下。那么南华仙人为何人呢?在《三国演义》中，南华仙人乃是张角的师父，授之天书三卷，名为《太平要术》。在历史中通常认为庄子为南华真人，罗贯中或以此为原型杜撰了这一段。何以知晓是杜撰呢?唐玄宗天宝年间才追封庄子为南华真人，称《庄子》为《南华真经》，与此同时被追封的还有三位真人，分别通玄真人文子、冲虚真人列子、洞灵真人亢仓子，在此之前并无此名。既然有南华仙人，不知道后期会不会有其他仙人的出场。在此之前，不知策划能不能把南华仙人一方面是张角师父一方面又是五行使者师父这个矛盾点圆回来。
《指尖三国志》中除了《太平要术》外，还有一重要物品，副本4-15水淹下邳中貂蝉赠与主公三宝之一的应龙珠。《太平要术》、三宝、五行使者中另外四人、南华仙人、有着火神之名的祝融、魔王的真正身份……目前的剧情中暗藏了种种谜团，真相如何，不妨拭目以待。