在皮卡丘中凡是训练家达到一定的等级时，就可以开启炼金工厂。这特色的系统有着很多的玩法，帮助好友炼金、自己生产金币或者是徽章，还有就是与好友神兽融合基因。每一个炼金工厂中都会有一个守护神兽，每天可以和好友的神兽基因融合三次，融合的小精灵是随机给的哦。
每天我们可以和好友神兽进行三次的融合，每当炼金工厂中的神兽提示可以融合的时候，我们就可以进行融合入了，通过点好友的小精灵进行基因融合。每次的融合会消耗一次融合的次数，系统会随机分配融合出来的精灵哦!运气好的话，还可以获得6星或者是7星的小精灵，想想就非常激动!融合之后神兽就会进入虚弱状态，在虚弱状态中的小精灵是无法再进行融合的，每天系统会刷新融合次数。这个玩法是有一个小技巧的，不知道大家知道不知道呢!神兽融合的时候出来的小精灵是受双方的神兽等级影响的，比如说我方是裂空座，好友的神兽是超梦，那么出来的小精灵有很高的几率是4、5星的，有小部分是6星的、还有一小小部分可能是7星。